Im Alter von 10 Jahren tritt Danny Carey einer Schulband bei und nimmt Privatunterricht auf der kleinen Trommel, dort lernt er auch Bongos zu spielen. Zwei Jahre später beginnt Danny Schlagzeug zu spielen. In seinem Abschlussjahr an der High School schließt er sich schließlich einer Jazzband an. An der University of Missouri beginnt er ein Schlagzeugstudium und weitet dieses auf die Grundsätze der Geometrie, der Wissenschaft und der Metaphysik aus. In dieser Zeit sammelt er auch Erfahrungen in der Jazz-Szene von Kansas.
1986 verlässt Danny die Universität und zieht nach Los Angeles, Kalifornien. Dort arbeitet er als Studioschlagzeuger mit Bands wie Carole King und nimmt einige Live-Mitschnitte mit der Band Pigmy Love Circus auf. 1990 steigt er bei der Band Tool ein, nachdem Frontsänger Maynard James Keenan und Gitarrist Adam Jones zuvor vergebens einen neuen Schlagzeuger gesucht haben.
In seinem Spiel finden sich Elemente aus den Bereichen Jazz, Fusion und diversen Metal-Genres wieder. Durch die komplexe Arbeit mit Snare- und Tom-Rhythmen verleiht Carey vielen Tool-Songs eine virtuose Struktur. Danny ist begeisterter Tabla-Spieler weshalb sich auch bei Tool einige Elemente dieses Schlaginstrumentes wiederfinden. Unterrichtet wird er von Aloke Dutta, für den er auch das Album Sinuosity produzierte. Auf dem Album Side One von Adrian Belew spielt Danny beispielsweise den kompletten Song Matchless Men auf dem südasiatischen Schlaginstrument.